Sự điều hòa biểu hiện gene ở tế bào nhân thực không chỉ dừng lại ở việc bật hay tắt phiên mã. Một trong những cơ chế quan trọng là sự biến đổi chromatin. Khi DNA liên kết chặt chẽ với protein histone tạo thành cấu trúc heterochromatin, các enzyme phiên mã không thể tiếp cận, dẫn đến gene bị "khóa". Ngược lại, việc acetyl hóa các đuôi histone làm giãn xoắn chromatin (euchromatin), cho phép quá trình phiên mã diễn ra. Ngoài ra, cơ chế cắt nối RNA thay thế (alternative splicing) cho phép một gene duy nhất có thể tạo ra nhiều loại protein khác nhau trong các mô khác nhau.